ベアゼロ回答（違

しかし、やはりこの関係に解釈の幅を認めた場合、その分け方にはどうしても個人の恣意的な要素が入ってしまい、ある人にとっては直感的に分かりやすいが、ある人にとっては非常に分かりずらい、といった現象を引き起こすことが分かりました。
そこで皆さんにお願いです。あらためて、
B の親キーワードは A である == B は A の部分集合である(A⊇B)
という定義を尊重してください。

解釈の幅を厳密にするが故に、階層を掘り下げ、分類のためのキーワードを登録する事を許した事が現時点のキーワードの問題点と思います。それを現状維持ですか。
はてなダイアリーのキーワードは善意のシステムだと思ってます。で、善意でしか無いんです。それ以上でもそれ以下でも無い。何かしらの意図を持って弄ろうと思えば、いくらでもそれを改変することが可能。（まあ、何回もやったらアカウント削除とかの強硬手段が執れるのなら、それでも良いんですけど、現状でそういう物騒なことは考えずに。）
では、わかりやすい例を出そう。

作品は作家のモノである。
作家と作品は別物だ。

どれも正しいし、正しいと断言できない。現時点のシステムではどれも許される。つまり作家の下にその人の著作を置くことも、全く違うツリーに置くことも自由。作品自体の分類に於いても、ライトノベルの属性を持ちながら、SF、Fantasy、Mystery等の属性を持つモノも当然ある（というか、大半はそうだ）。もっと言えば、これはSFだ、いやそうじゃない等々の論争など日常茶飯事。マリみてを学園モノと見る人とFantasyと見る人。そういった多様さはあってしかるべきかと。
で、発想を逆転してみよう。
現時点の問題点である、「分類のためのキーワード」を属性として、ツリー型の分類方法を上下逆転させる。つまり、どのキーワードもパラレルに存在し、一つのキーワードが多数の属性を持つことが出来る為、登録時の混乱を避けることが出来る。なんでこんな所に？といった疑問も少なくなる（と思う）。
で、特定の属性を持つモノがカテゴライズされたキーワード群としてリンク対象としてピックアップされる。というのはどうだろう。>ALL&id:hatenadiaryさん。